Согласно решению Совета директоров, HAKI, как институт-координатор, может определять и назначать выделенные технические центры для работы по специфическим темам или задачам. До сих пор, был назначен один такой центр:
Кафедра аквакультуры, Дубровникский университет, Дубровник, Хорватия
Во время совещаний директоров NACEE Совет NACEE определил шесть приоритетных областей для совместной работы и создал шесть соответствующих рабочих групп, каждая из которых координируется одним Институтом-координатором, ответственным за деятельность данной рабочей группы.
Эти шесть рабочих групп являются следующими: